Der neue Papst hat im Laufe seines Lebens auch schon in der Evangelischen Akademie Bad Boll Station gemacht. Als reformerisch gestimmter Professor war er am 2. November 1960 Referent bei einer gemeinsam mit der Akademie der Diözese Rottenburg veranstalteten Tagung. Bei diesem interkonfessionellen Gespräch hielt Josef Ratzinger einen Vortrag mit dem Thema "Wesen und Gestalt der Kirche als des einen Leibes Jesu Christi". Ziel der Tagung war es, ein klares Bild davon zu zeichnen, was Katholiken und Protestanten glauben, aber auch herauszufinden, wo trennende Überzeugungen liegen. Die evangelische Seite vertraten bei dem Gespräch die Professoren Hans Conzelmann (Göttingen) und Erwin Mühlhaupt (Wuppertal-Elberfeld), für die katholische Seite sprach neben Josef Ratzinger, damals Theologe in Bonn, sein Würzburger Kollege Rudolph Schnackenburg. Im Archiv der Akademie findet sich der handschriftlich von Josef Ratzinger korrigierte Text seines Vortrages, der später in einem Protokollband veröffentlicht wurde.
Auch unter den Gästen der Tagung waren bekannte Namen: Unter anderem verfolgten Theo Sorg, damals Pfarrer, später Bischof der Evangelischen Landeskirche in Württemberg und Walter Kasper, damals Repetent in Tübingen, heute Kardinal in Rom, die Vorträge der Bad Boller Tagung. Allerdings standen auch Papstkritiker zu Frühzeiten ihrer Karriere in Bad Boll am Rednerpult: Auf das Interkonfessionelle Gespräch mit Josef Ratzinger folgte ein halbes Jahr später eine Tagung mit dem katholischen Theologie-Professor Hans Küng, dem später wegen seiner Zweifel an der Unfehlbarkeit des Papstes die Lehrbefugnis entzogen wurde.
Der heute in der Evangelischen Akademie Bad Boll für Ökumenefragen zuständige Studienleiter Wolfgang Wagner wünscht sich vom neuen Papst, dass "er zurückfindet zu dem frischen Geist von 1968". In seinen damaligen Tübinger Vorlesungen habe Ratzinger "Glauben als Ermöglichung wahren Menschseins in unserer heutigen Welt" bezeichnet. Von diesem Verständnis ausgehend erhofft sich Wagner, dass Benedikt XVI. "eher in der Lokomotive als im Bremserhäuschen der Ökumenebewegung" seinen Platz findet und das Zusammenwachsen der Konfessionen weniger mit Mahnungen als mit kreativen Ideen begleitet. Dem Titel des Papstes - Pontifex (Bückenbauer) - misst die Akademie besondere Bedeutung bei, zumal sie sich selbst als Symbol die Brücke gewählt hat.